充分腐熟：未腐熟的有机肥中含有大量的病菌、虫卵和杂草种子等，施入土壤后会引发病虫害，同时未腐熟的有机肥在土壤中发酵时会产生热量，可能会烧伤植物的根系。因此，有机肥在施用前必须经过充分腐熟。
适量施用：虽然有机肥对土壤和植物有很多好处，但也不能过量施用，否则会导致土壤中养分失衡，特别是氮素过多，会造成植物徒长，影响植物的开花结果，还可能会污染地下水等。
合理搭配：有机肥与化肥配合施用，可以取长补短，发挥各自的优势。有机肥养分全面但含量低、释放慢，化肥养分含量高、释放快，两者配合使用能满足植物不同生长阶段对养分的需求。
注意施用方法：有机肥可以作基肥、追肥和种肥。作基肥时，应在播种或移栽前将有机肥均匀施入土壤中，然后进行深耕翻埋；作追肥时，可采用沟施、穴施等方法，将有机肥施于植物根系附近；作种肥时，要注意有机肥与种子不能直接接触，以免影响种子发芽。
